具体原因很多，个人认为最主要的原因在民族和宗教方面。

先看看英国在东南亚有哪些殖民地：英属缅甸［（British Burma），1935年以前是英属印度（British India）的一个省］、英属马来亚［（British Malaya），1826年以后改称“海峡殖民地”（Straits Settlements），包括今天的马来西亚、新加坡、文莱］。

再看看法国的殖民地：法属印度支那联邦（L'Indo-Chine Fran?aise，包括今天的越南、老挝、柬埔寨）。

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看看民族方面的情况：

1、前英国殖民地：

缅甸：主体民族是缅族，按语言学分类属于汉藏语系藏缅语族缅语支；

马来西亚：主体民族是马来人，广义上的马来人包括全部南岛语系民族；

文莱：主体民族是马来人；

新加坡：主体民族是华人，按中国的分类大致相当于汉族和回族。

2、前法国殖民地：

越南：主体民族是越族，在中国叫“京族”，语言系属未定，大多数欧美学者认为越南语属于南亚语系孟高棉语族，但大多数中国学者认为越南语属于汉藏语系；

老挝：主体民族是老龙族系，也就是中国的傣族，属于汉藏语系侗泰语族傣语支（也有人认为是“壮傣语支”）；

柬埔寨：主体民族是高棉族，属于南亚语系孟高棉语族高棉语支。

而荷兰的殖民地荷属东印度（Nederlands-Indi?）呢？人家主体民族都是操南岛语系的，也就是广义上的马来人。同一个民族自然政治认同感更强，更容易形成一个统一的民族国家。

从这里就可以看出，英国、法国在东南亚的殖民地民族成分极其复杂，有汉藏语系，有南亚语系，有南岛语系，几乎不可能融合在一起形成一个统一的国家。法国曾经将越南、老挝、柬埔寨三国合并起来成立法属印度支那联邦，可惜强扭的瓜不甜，法国殖民统治一崩溃，法属印度支那联邦就解体了。同样，刚独立那会儿新加坡曾经是马来西亚联邦的一个州，不过很快就因为主体民族是华人而被马来西亚的主体民族马来人踢出去了。

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再看宗教方面的情况：

1、前英国殖民地：

缅甸：主要宗教是南传上座部佛教；

马来西亚：国教为伊斯兰教；

文莱：国教为伊斯兰教；

新加坡：多种宗教并存，有伊斯兰教、基督教（包括天主教和新教）、佛教（包括汉传佛教和南传上座部佛教）、道教、印度教等。

2、前法国殖民地

越南：宗教情况复杂，信徒最多的宗教是汉传佛教（属于北传首座部佛教，又称“大乘佛教”），还有高台教（属于变异的道教，但杂糅了很多佛教、天主教的东西）、基督教（包括天主教和新教）、伊斯兰教等众多宗教；

老挝：大部分人信仰南传上座部佛教；

柬埔寨：大部分人信仰南传上座部佛教。

相对而言荷属东印度的宗教情况就简单得多了，除了巴厘岛有大量印度教信徒外基本上全境都是穆斯林的地盘，绝大部分人都信奉伊斯兰教。

所以从宗教信仰上看，荷属东印度宗教信仰相对单一，容易形成共同的文化认同和国家认同，这也是印度尼西亚建国的文化基础；而英国、法国殖民地宗教信仰太多元、太复杂，导致这些地方缺乏共同的文化认同，难以统一为单一国家。

东帝汶分裂出去了。

说说马来西亚、新加坡和文莱三国。

马来西亚、新加坡和文莱曾经是英国殖民地。

马来西亚由三个主要部分组成：马来亚联合邦、沙巴和砂拉越。

而新加坡在1963年9月16日加入马来西亚，1965年被迫退出。

当时英国在这个地区的势力范围是：

马来联邦：雪兰莪、森美兰、霹雳、彭亨

马来属邦：柔佛、吉打、吉兰丹、登嘉楼、玻璃市

海峡殖民地：槟城、新加坡、马六甲

布洛克家族控制的砂拉越王国

北婆罗洲公司控制的沙巴

和保护国文莱

二战后，大英帝国的实力已经严重衰退，所以在马来亚和新加坡积极培训领导人，准备让这些殖民地慢慢走向独立，其中马来亚的东姑阿都拉曼和新加坡的李光耀是其中之一。

二战后，冷战马上来临。英国为了防止共产主义扩散，派出英军与马来兵团合作围剿马来亚共产党，而原本是荷兰殖民地的印尼已经由苏卡诺和印尼共产党控制。英国不得不增强马来亚的兵力，而英国的实力无法在这个地区维持那么久。于是，英国打算把这个地区的所有己方势力联合起来，对抗印尼和马来亚共产党。

在英国和马来亚的计划中，组成联邦的有马来亚、新加坡、沙巴、砂拉越和文莱。

文莱面临国内叛乱和最高元首排名问题不加入马来西亚。

新加坡的李光耀希望加入马来西亚能消灭新加坡境内的共产党势力，也能促进新加坡发展，支持加入马来西亚。

而沙巴和砂拉越的人民在公投后也决定加入马来西亚。

所以在1963年9月16日，马来西亚宣布成立。

然而，马来西亚成立后就面临印尼的军事入侵，其中马来西亚柔佛州、新加坡、沙巴和砂拉越的边界是冲突的主要地区。

在英联邦的帮助下，马来西亚成功保卫联邦。

但印尼特务成功煽动新加坡马来人和华人的冲突，在经历一次种族冲突后，新加坡州政府和联邦政府发生矛盾。新加坡州政府不满联邦政府迟迟不肯开放马来亚的市场给新加坡，也反对联邦政府的"马来人的马来西亚"政策，主张"马来西亚人的马来西亚"。联邦政府也不满新加坡州政府处处与联邦政府作对，不肯配合联邦政府管理新加坡，矛盾爆发后，马来西亚国家议会决定剔除新加坡，新加坡总理李光耀含泪宣布独立。至此，昔日的马来西亚联邦分裂成马来西亚和新加坡两个国家。

虽然文莱不加入马来西亚是比较无法避免的，毕竟马来西亚不能用武力占领文莱，但是与新加坡的分裂是可以避免的。但由于联邦政府与新加坡州政府不少的矛盾驱使分裂，可以说是联邦政府缺少眼光，白白送走了一大港口城市。

而印尼从荷兰独立后，军事实力大增，不怕面临"入侵者"的骂名，马上入侵了亚齐(现亚齐省)、巴布新几亚和东帝汶。所以才那么统一。后来在多国的插手下，东帝汶独立。

虽然马来西亚无法统一英国在这个地区的殖民地，但至少成功消化了沙巴和砂拉越，大致上也解决了国内的种族矛盾，而新加坡和文莱是不错的邻国，留着也无妨。

反观印尼入侵这些地区导致国内种族矛盾更加激烈，亚齐人、东帝汶人都搞分裂，导致印尼经济无法发展，落后于马来西亚、新加坡和文莱等国。到现在，印尼还是无法消化亚齐和巴布新几亚，而东帝汶还吐了出来，印尼虽然有人口上的优势(两亿以上的人口)但是经济还是不如只有三千万人口的马来西亚，而军事实力与马来西亚相当。

领土不是越多越好，最重要的是消化得了。

荷兰的东南亚殖民地是真的有满者伯夷这一个以爪哇岛为中心，从苏门答腊到最东部的群岛为附庸的帝国作为统一国家的模板，这是东南亚的英法殖民地所没有的